Блин, все решилось очень просто.
Залез в настройки sopds увидел строку
"/opt/sopds/opds_catalog/tmp/sopds_server.pid", прописал ее же в sopds_server.service И о чудо, запустилось и работает. В общем демон не видел pid и грохал процесс pid файл создает сам sopds. Там же в настройках есть путь и до pid сканера. По умолчанию это"/opt/sopds/opds_catalog/tmp/sopds_scanner.pid"
Всем спасибо. PS: для sopds я создал пользователя sopds и добавил в файл сервиса, что бы он запускал демона от этого имени. Так безопаснее.
