Мое мнение наверное надо модефицировть каталог covers (а то у меня там 90000 изображений

) :
Например остановимся на 3-х уровневом вложении, допустим у меня обложка с номером 1000 - в hex это 3E8, тогда фаил будет лежать в каталоге: ./covers/8/E/3/1000.jpg, если id файла например 10 то лежать он будет: /covers/A/0/0/10.jpg
для 140 тысяч книг будет созданно ~ 4095 каталогов в каждом каталоге будет по ~34 обложки... на мой взгляд (адмирна) это будет лучше....